Integrado en la comarca de Ribera Alta del Ebro, de la que ejerce de capital, se sitúa a 26 kilómetros del centro de Zaragoza. El término municipal está atravesado por la Autopista Vasco-Aragonesa (AP-68) y por la autovía A-68, además de por la carretera autonómica
A-126, que se dirige hacia Tauste, y por una carretera local que permite la comunicación con Cabañas de Ebro.

El relieve del municipio está definido por el valle del Ebro, el cual se ensancha en el territorio para recibir por su margen derecha las aguas procedentes del río Jalón, ya en Torres de Berrellén. Es por eso que Alagón cuenta con una extensa vega en la que abundan los regadíos. El casco antiguo de la localidad se encuentra situado sobre una suave colina en el interfluvio Ebro-Jalón protegiéndose así de las crecidas de estos ríos. En la margen izquierda del Ebro, en el límite norte del municipio, encontramos un escarpe que da paso a los montes de El Castellar que se caracterizan por una vegetación xerófila adaptada a condiciones de sequedad. La altitud oscila entre los 246 metros al sur y los 215 metros a orillas del Ebro. El casco urbano se alza a 235 metros sobre el nivel del mar.
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